Course Summary
This course introduces students to the field of bioinformatics, focusing on the use of computer science and mathematics to analyze biological data. Students will learn about genomic sequencing, gene expression, and protein structure prediction.Key Learning Points
- Learn how to use computational tools to analyze biological data
- Understand the algorithms and statistical models used in bioinformatics
- Apply bioinformatics techniques to real-world problems
Related Topics for further study
Learning Outcomes
- Understand the basics of bioinformatics and its applications
- Gain hands-on experience with key bioinformatics tools and techniques
- Be able to analyze biological data and make meaningful conclusions
Prerequisites or good to have knowledge before taking this course
- Basic knowledge of biology and genetics
- Familiarity with programming concepts (Python recommended)
Course Difficulty Level
IntermediateCourse Format
- Online Self-Paced
- Video Lectures
- Assignments and Assessments
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- Introduction to Computational Biology
- Bioinformatics Specialization
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Description
欢迎选修北京大学MOOC课程“生物信息学：导论与方法”。
Outline
- 导论与历史
- 课程介绍
- 什么是生物信息学
- 生物信息学历史
- 中国大陆的生物信息学
- 阅读参考
- 讲义
- 导论与历史
- 序列比对
- 序列比对中的基本概念
- 利用动态规划进行全局比对
- 从全局比对到局部比对
- 考虑仿射空位罚分的序列比对，以及如何计算Needleman-Wunsch算法的时间复杂度
- 关于同源、相似性、相似性矩阵和点阵图
- M.S. Waterman教授访谈
- 学生课堂报告（一）
- 学生课堂报告（二）
- 阅读参考
- 讲义
- 序列比对
- 序列数据库搜索
- 序列数据库
- BLAST算法初探
- 学生课堂报告
- 阅读参考
- 讲义
- 序列数据库搜索
- 马尔可夫模型
- 从状态到马尔可夫链
- 隐马尔可夫模型
- 用隐马尔可夫模型建立预测模型
- 学生课堂报告（一）
- 学生课堂报告（二）
- 学生课堂报告（三）
- 学生实践
- 阅读参考
- 讲义
- 马尔可夫模型
- 新一代测序NGS：重测序的回帖和变异鉴定
- 新一代测序
- 序列回帖和变异鉴定
- 序列回帖和变异鉴定的分析演示
- 关于回帖、变异鉴定
- 关于基因型鉴定
- Ion Torrent PGM测序介绍
- 3730 Sanger测序介绍
- 阅读参考
- 讲义
- 新一代测序NGS：重测序的回帖和变异鉴定
- 变异的功能预测
- 问题概述
- 记录变异的数据库
- 基于保守性和规则的预测方法：SIFT和PolyPhen
- 基于机器学习分类器的预测方法：SAPRED
- 支持向量机简介
- 学生课堂报告
- 阅读参考
- 讲义
- 变异的功能预测
- 期中考试
- 期中考试
- 新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq
- 转录组介绍
- RNA测序数据回帖与组装
- RNA-seq数据分析
- Maynard Olson教授访谈
- 学生课堂报告（一）
- 学生课堂报告（二）
- 学生课堂报告（三）
- 学生课堂报告（四）
- 学生实践
- 阅读参考
- 讲义
- 新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq
- 非编码RNA的预测及分析
- 从信息到知识
- 数据挖掘: 长非编码RNA的鉴定
- 数据挖掘: 差异表达与聚类分析
- 变量选择与聚类分析
- Illumina HiSeq & MiSeq测序仪介绍
- 阅读参考
- 讲义
- 非编码RNA的预测及分析
- 本体论、分子通路鉴定
- 本体论和基因本体论
- KEGG分子通路数据库
- GO注释
- 分子通路鉴定
- 应用：药物成瘾共同分子通路的鉴定
- 数据库系统简介
- KOBAS演示
- 学生演示KOBAS
- 阅读参考
- 讲义
- 本体论、分子通路鉴定
- 生物信息数据库及软件资源
- 生物信息资源概览
- 美国国家生物信息中心(NCBI)资源
- 欧洲生物信息中心(EBI)资源
- UCSC基因组浏览器
- 其他主要生物信息资源
- 学生介绍CBI资源
- 讲义
- 生物信息数据库及软件资源
- 研究案例 I -- 新基因起源
- 新基因鉴定及演化分析: 概念与实例
- 新基因鉴定及演化分析: 大脑演化的驱动力
- 从非编码RNA起源的从头起源新基因
- 一个与成瘾相关的人类特异的从头起源的新基因
- 学生课堂报告
- 阅读参考
- 讲义
- 新基因起源
- 研究案例II- DNA甲基化酶的演化功能分析
- 从干实验到湿实验——一个演化问题 第1部分
- 从干实验到湿实验——一个演化问题 第2部分
- 裴钢教授关于研究背景的介绍
- 裴钢教授访谈
- 学生课堂报告
- 讲义
- 期末考试
- 期末考试
Summary of User Reviews
Discover the fundamentals of life science and information science with this course on Sheng Wu Xin Xi Xue. Users have praised the course for its comprehensive coverage of the subject matter, making it a great starting point for beginners.Key Aspect Users Liked About This Course
Users have praised the course for its comprehensive coverage of the subject matter, making it a great starting point for beginners.Pros from User Reviews
- Great course for beginners
- Comprehensive coverage of the subject matter
- Highly informative and interesting
- Excellent instructor
- Easy to follow
Cons from User Reviews
- Some sections may be too technical for beginners
- Not enough practical exercises
- Some lectures may be too long
- Lack of interaction with other students
- Not enough focus on real-world applications
Ge Gao 高歌, Ph.D.
4.7 Raiting
中国哲学经典著作导读
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这是一个全球化、信息化、快餐化的时代；全球化拷问着人们的文化根基，信息化拷问着人们的价值信仰，快餐化拷问着人们的经典阅读。 民族的就是世界的。为继承弘扬中华文化传统，我们特意打造这门课，希冀提供一个阅读哲学经典、传承中国文化、铸造民族精神的平台，让中国文化走向世界、走向未来。 本课分十个专题，分别介绍《周易》、孔子《论语》、老子《道德经》，《大学》与《中庸》，《庄子》，《孙子兵法》，《墨经》，《心经》，以及朱熹理学、王阳明《传习录》等著作和人物的思想。既有对儒释道经典的介绍，也有对理学、心学思想的阐释，以期以一种更广阔的视角看待中国传统哲学，让学生能够对中国传统哲学有一种全方位的认识。 课程大纲 第一章 《周易》导读 第二章 《道德经》导读 第三章 《论语》导读 第四章 《大学》《中庸》导读 第五章 《孙子兵法》导读 第六章 《墨经》导读 第七章 《心经》导读 第八章 《庄子》导读 第九章 朱熹理学相关著作导读...
面向对象技术高级课程（The Advanced Object-Oriented Technology）
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如果将软件开发人员看作行走江湖的武侠，那么各种软件开发技术就是武侠赖以傍身的武术秘籍。有的秘籍以易学灵巧见长，练习者很快掌握，并有立竿见影的功效，但失之厚重持久；有的秘籍初学乍练顿显困难，虽冥思苦解仍不得要领，需坚持不断的内功修炼方成正果，却是成为武林大侠必备的至宝。本课程有些类似于后者。 《面向对象技术高级课程》深入、系统、完整地讲解当今主流的面向对象软件开发方法的分析、设计、实现及重构方法，深入讲解UML语言的高级技术细节，以及近年来面向对象方法最新的发展趋势。课程集百家之所言，并结合主讲者最新的研究成果，并通过大量、丰富、完整、不同领域、应用不同技术的案例将其中的关键知识点串联起来，便于理解和应用。 本课程并不拘限于某一特定的面向对象的编程语言的编程技巧，但却包含了基于当前主流的面向对象编程语言的多项完整案例。本课程引导选课同学从更为抽象和共性的模型角度描述现实世界和软件世界,即构建分析与设计模型，之后再将其落实到软件编程实现。这种工程化的理念对于开发大型、复杂、困难、攸关软件系统是非常必要的，也是作为高级程序员、系统分析师、软件架构师等高级软件技术职位所必需具有的素质。 作为一门面向广大受众的中文MOOC课程，本次课程力求向不同需求和背景的朋友呈现中华文化氛围、生动有趣的案例、跨专业的广阔的视野、以及深入实用的技术综合。 同时作为一门传授软件专门知识的MOOC课程，本次课程将为具有编程能力的同学带来有趣的软件开发项目作业，在实际的软件开发中感受学以致用的快乐，体会面向对象方法学的深刻内涵。 本次课程仍将邀请面向对象领域著名学者北京大学信息科学技术学院邵维忠教授和麻志毅副教授讲解某些章节，并对面向对象方法学中的某些关键问题进行讨论。 第1节：绪论-软件开发方法的演化与最新趋势 1. 第二次MOOC开课引言 2. 系统的概念 3. 结构的概念 4. 模型与科学模型 5. 工程模型 6. 软件模型 7. 方法学、方法、语言与图...
生物信息学: 导论与方法
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欢迎选修北京大学MOOC课程“生物信息学：导论与方法”。 近三十年来，生命科学与计算科学飞速发展。生物信息学是一门生命科学与计算科学的前沿交叉学科。生物信息学产生和迅猛发展的主要推动力来自于新一代测序等高通量技术在生命科学领域越来越广泛的应用。目前，人和很多动植物的基因组已经被测序出来。已知DNA序列的数量已超过20兆亿碱基，每五个月翻一番。这些前所未有的大数据中蕴藏着很多尚不为人知的新发现、新知识，给生命科学研究带来新的历史机遇。但是同时，这些大数据不仅数量巨大、持续呈现指数增长的趋势，而且噪音高，异构程度高。准确、快速地分析这些数据需要先进的计算方法。 生物信息学是一门强大的新技术，是用来分析、存储、搜索海量生物医学数据的信息技术和计算技术。另一方面，生物信息学是一种研究生命科学问题的新方法、新思路，是一种从全基因组出发、从系统水平出发、基于数据整合，提出新假说、发现新规律的研究方法。在这门“生物信息学：导论与方法”网上课程中，我们将向您系统地讲授生物信息学主要概念及方法。课程内容从基础的序列比对开始，循序渐进，围绕深度测序数据分析、计算基因组学、分子通路鉴定等当前研究的前沿热点内容进行介绍与讨论。进一步地，我们会以我们实验室自己开发的算法、软件及数据库为例，告诉您如何开发新的生物信息学技术。我们将用具体实例展示给您，如何用生物信息学的方法及研究思路来解决生命科学里的实际问题。我们也邀请到几位生命科学领域资深教授介绍相关的生物信息学重要工作及生物信息学在生命科学中的作用。 本课程材料采用 CC BY-NC-SA 协议开放共享。 导论与历史 课程介绍 什么是生物信息学 生物信息学历史 中国大陆的生物信息学 阅读参考 讲义 导论与历史 序列比对 序列比对中的基本概念 利用动态规划进行全局比对 从全局比对到局部比对 考虑仿射空位罚分的序列比对，以及如何计算Needleman-Wunsch算法的时间复杂度 关于同源、相似性、相似性矩阵和点阵图...
当代应用心理学
- 4.5
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【课程介绍】 《当代应用心理学》是由云林科技大学 刘威德教授主讲的一门应用心理学课程 并由云林科技大学 惠龙博士担任总顾问 课程将精选八项心理学与日常生活息息相关的应用议题，藉由生活对象设计(人因心理学)、消费行为、领导管理、性格分析、犯罪行为、心理保健与心理测验、人际关系等方面运用生活知能、个体行为与态度、测验诊断加以说明诠释应用心理学之奥妙。例如:自行车设计动向、民众购车消费行为、便利商店兑币代换机制、组织领导策略、关注情绪管理、人格特质透析、以及如何经营成功良好的职场与人际关系等事例，深入浅出探讨来应用心理学的理论与实际生活经验分析概念。 【课程大纲】 探讨从众/群众心理、消费行为模式、成功营销的法则、消费者的觉察-广告营销的心理法则、广告营销心理实例探讨、探讨领导管理的现象、管理组织的策略、成功领导者的特质、组织人事的经营管理、探讨人格特质分析、人格的形成和发展、性格的影响因素、性格的常态与偏态、探讨犯罪心理、偏差行为发展脉络分析、法律与生活的关系、犯罪与偏差行为的预防-罢凌行为的心理探讨、探讨心理保健层面、情绪管理、快乐心理、落实小区心理保健、个别心理特质的差异、心理测验的原理、探讨如何藉由心理测验及诊断工具了解个别特质的差异、心理测验的迷思概念、探讨人际关系互动网络、人际关系的影响因素、成功职场心理的经营、职场的求职陷阱以及以上各内容之实例。 第1周：心理学原理概述Introduction 第2周：人因心理学原理简介及实例探讨Human Factors and Ergonomics 第3周：消费者心理学原理简介及实例探讨Consumer Psychology 第4周：组织及领导心理学原理简介及实例探讨Leadership Psychology 第5周：性格心理学原理简介及实例探讨Personality Psychology 第6周：法律与犯罪心理学原理简介及实例探讨 Law and Criminal Psychology...
