Введение в биоинформатику (Introduction to Bioinformatics)
- 0.0
-
![]()
![]()
![]()
![]()
![]()
Approx. 11 hours to complete
Course Summary
This course introduces students to the field of bioinformatics and how to analyze biological data using computational tools.Key Learning Points
- Learn the basics of bioinformatics and how to use computational tools to analyze biological data
- Explore the various applications of bioinformatics in fields such as genomics, proteomics, and drug discovery
- Gain hands-on experience with widely-used bioinformatics tools and techniques
Related Topics for further study
Learning Outcomes
- Understanding of the basics of bioinformatics and its applications
- Ability to use computational tools to analyze biological data
- Hands-on experience with widely-used bioinformatics tools and techniques
Prerequisites or good to have knowledge before taking this course
- Basic knowledge of biology and genetics
- Familiarity with programming in Python
Course Difficulty Level
IntermediateCourse Format
- Online self-paced course
- Video lectures
- Quizzes and assignments
Similar Courses
- Introduction to Computational Biology
- Genomic Data Science
Related Education Paths
Related Books
Description
Курс «Введение в биоинформатику» адресован тем, кто хочет получить расширенное представление о том, что такое биоинформатика и как она помогает биологам и медикам в их работе.
The course is aimed at those who would like to have a better idea of what bioinformatics is and how it helps biologists and medical scientists in research and clinical work.
Outline
- Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)
- Введение в биоинформатику (Introduction to Bioinformatics)
- Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)
- Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)
- Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)
- Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)
- Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)
- Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)
- Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)
- Тест 1 (Quiz 1)
- Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)
- Основные понятия. Секвенирование по Сэнгеру (Basic concepts. Sanger sequencing.)
- Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)
- 454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina
- Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore
- Тест 2 (Quiz 2)
- Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)
- Проблемы качества (Quality Issues)
- Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)
- Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)
- Пример - часть 1 (Case Study - part 1)
- Пример - часть 2 (Case Study - part 2)
- Введение в Linux (Introduction to Linux)
- Тест 3 (Quiz 3)
- Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)
- Сборка ДНК de novo - часть 1 (De novo DNA assembly - part 1)
- Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)
- Алгоритмы (Algorithms)
- Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)
- Overlap Layout Concensus
- Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)
- Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)
- Тест 4 (Quiz 4)
- Неделя 5 - Выравнивание коротких фрагментов (Short read alignment)
- Подходы к выравниванию ( Alignment approaches)
- Построение индекса (Building index)
- Выравнивание с помощью Bowtie (Bowtie Alignment)
- Форматы SAM, BAM. Сортировка. (SAM, BAM Alignment Format. Sorting.)
- Поиск вариантов (Variant Calling)
- Строковые алгоритмы. Хэш-функция. (String Algorithms. Hash.)
- Поиск подстроки с ошибками (String Searching with Errors)
- Суффиксные деревья (Suffix Trees)
- Тест 5 (Quiz 5)
- Неделя 6 - Поиск и аннотация генов (Gene Finding and Annotation)
- Подходы к аннотации генов (Gene Finding Approaches)
- Скрытые марковские модели (Hidden Markov Models)
- Аннотация генов в бактериальном геноме (Bacterial Genome Annotation)
- Анализ вариантов (Variant Analysis)
- Тест 6 (Quiz 6)
- Геномный проект (Genome Project)
- Часть 1: исходные данные (Part 1: Raw Data)
- Часть 2: сборка de novo (Part 2: De Novo Assembly)
- Часть 3: выравнивание по референсу (Part 3: Alignment to Reference)
- Часть 4: аннотация (Part 4: Annotation)
Summary of User Reviews
Learn bioinformatics with Coursera's Bioinformatika course. Students praise this course for its comprehensive content and engaging instructors. Many find the course to be challenging but rewarding.Key Aspect Users Liked About This Course
Comprehensive contentPros from User Reviews
- Engaging instructors
- Challenging and rewarding
- In-depth coverage of bioinformatics topics
- Interactive assignments and quizzes
- Clear and concise explanations
Cons from User Reviews
- Some technical difficulties reported
- Occasional pacing issues
- Limited interaction with other students
- Requires a basic understanding of biology and computer science
- Not suitable for beginners
Введение в Биоинформатику: Метагеномика (Introduction to Bioinformatics: Metagenomics)
- 0.0
-
![]()
![]()
![]()
![]()
![]()
Авторский коллектив курса «Введение в биоинформатику: метагеномика» был отмечен дипломом II степени в номинации "За способность понятно объяснять самые абстрактные идеи" на Международном конкурсе открытых онлайн-курсов EdCrunch Award в 2018 году....
Введение в биоинформатику (Introduction to Bioinformatics)
- 0.0
-
![]()
![]()
![]()
![]()
![]()
Курс «Введение в биоинформатику» адресован тем, кто хочет получить расширенное представление о том, что такое биоинформатика и как она помогает биологам и медикам в их работе....
